Årsagen til udsættelsen skyldes den store mængde af alger, der netop i disse dage befinder sig i vandet i Københavns Havn forårsaget af den varme sommer.
Udsættelsen af Christiansborg Rundt 2006 er truffet i samråd med Københavns Kommunes Miljøkontrol, og der er i dag truffet aftaler med samarbejdspartnerne om flytningen.
Dansk Svømmeunion beklager udsættelsen, men håber på forståelse fra deltagere, tilskuere og frivillige hjælpere.